La historia comienza en un mundo en el que la Alquimia, una ciencia que permite transformar una sustancia en otra, está ampliamente extendida y es usada con frecuencia. Sin embargo, como toda ciencia, ésta tambien se rige por unas leyes: No se puede ganar nada sin sacrificar nada, debes ofrecer algo del mismo valor que lo que quieres obtener; este es el principio del Intercambio Equivalente, la base de la Alquimia.

Cuando los hermanos Elric pierden a su madre deciden intentar traerla de vuelta a cualquier precio, incluso desafiando el mayor tabú: la Transmutación Humana. Sin embargo, no hay intercambio equivalente por una vida. El experimento resulta ser un fracaso: no sólo no consiguen resucitarla, sino que Edward, el hermano mayor, pierde la pierna izquierda y Alphonse, el menor, todo el cuerpo. Ed consigue salvar a Al uniendo su alma a una armadura a cambio de su propio brazo derecho.

Tras una visita del alquimista nacional (alquimistas que trabajan para el ejército) Roy Mustang, Ed decide implantarse un brazo y una pierna de metal y emprender junto a su hermano un viaje para convertirse en alquimista nacional y salir en busca de la legendaria Piedra Filosofal, una reliquia capaz de romper la leyes de la Alquimia y otorgar un poder casi ilimitado a su portador, con la que recuperar sus cuerpos originales.

En esta búsqueda los hermanos Elric no estarán solos y deberán enfrentarse a innumerables peligros y descubrir la oscura verdad oculta tras el ejército, la Alquimia e incluso su propia familia.

Edward Elric, alquimista de acero

Edward Elric vivía en Rizenbul con su madre Trisha y su hermano Alphonse, después de que su padre, Hohenheim de la Luz se hubiera marchado. Acabó odiando a su progenitor porque sabía que la tristeza de su madre se debía a la huída de éste. Siendo muy joven aprendió los conceptos básicos de la alquimia, junto a Al. Después de la muerte de Trisha, quedó al cuidado de Pinako Rockbell, vecina suya y abuela de su amiga Winry Rockbell. Junto a su hermano marchó a estudiar alquimia bajo la tutela de Izumi Curtis. Al regresar, los hermanos Elric, intentaron resucitar a su madre Trisha, con alquimia humana, pero esto les llevó a pagar un alto precio: en el caso de Edward, su pierna izquierda. Sin embargo, como Al había perdido su cuerpo, Ed sacrificó su brazo derecho para atar el alma de su hermano a una armadura. Esa noche conoció a Roy Mustang, que luego sería determinante en su aventura. A raíz de haber visto el interior de la Puerta de la Verdad, puede hacer alquimia sin tener que dibujar un círculo, cosa que no descubre hasta algún tiempo después, mientras prepara su examen de Alquimista Nacional.

Después de recuperarse de la operación por la que se colocó los Automail, marcha junto a su hermano hacia Central para realizar el examen de Alquimista Nacional, alojándose en la casa de Shou Tucker. En el trayecto conocieron a Maes Hughes.

Aprobó con relativa facilidad el examen para Alquimista Nacional, recibiendo un reloj de plata (símbolo de sus nuevo rango) y el sobrenombre de Alquimista de Acero (que da nombre a la serie). Acompañado siempre por su hermano, empezó a viajar por todo el país, visitando lugares como Youswell, Lior, Xenotime, etc, con la esperanza de encontrar el remedio a los problemas de ambos en algún lado

Tras conocer al doctor Tim Marcoh, trabajó junto a Alphonse en descifrar sus investigaciones sobre la Piedra Filosofal, y luego fue con él al laboratorio nº 5.

Para evitar el insistente control de Roy Mustang, decide ir al Sur con el pretexto de ver a su maestra, cosa que al final ocurre, en 1915 (CS).

Tras algunos descubrimientos sobre la Piedra Filosofal y sus enemigos, acaba en Lior buscando a Scar. De manera imprevista Alphonse pasa a ser la Piedra Filosofal, por lo que se ven obligados a huir de allí, para que los militares, (cuyo jefe King Bradley es un homúnculo, cosa que ya saben), no los capture. Marchan a Rizenbul, desde donde acaban yendo a Central, para encontrar a esa persona que dirige a los homúnculos, cuya identidad aún desconocen.

Finalmente, en la ciudad subterránea de Central, muere a manos de Envy, para delicia de éste, pero Alphonse decide usar toda la Piedra Filosofal y desaparecer él mismo para resucitar a su hermano. En un nuevo giro, Ed realiza alquimia sobre sí mismo, trayendo de nuevo a la vida a Alphonse, y apareciendo él en este mundo, que ya había visitado fugazmente poco antes.

Pasa a vivir en Munich, con su padre Hohenheim de la Luz, también en este mundo por culpa de Dante, y al final de la serie decide aprender sobre la fabricación de cohetes, en un intento de alcanzar su mundo de esta forma.

Alphonse Elric

Winry Rockbell

Winry vivía en Rizenbul desde siempre, siendo la mejor amiga de Ed y Al. Sus padres, médicos de profesión, decidieron ir a la guerra de Ishbal, donde ayudaron por igual a uno y otro bando. Por esto, los militares los mataron. Ella siguió viviendo con su abuela, de la que aprendió el oficio de mecánica de Automail.

Tras la marcha de los hermanos Elric a buscar fortuna en Central, no vuelve a verlos hasta 1914, (exceptuando una visita fugaz a Central, en la que es secuestrada por Barry el del Hacha) cuando estos regresan a Rizenbul tras el primer enfrentamiento con Scar, en el que Ed perdió su brazo derecho, el de metal, y Al quedó medio destrozado. Aquí ella descubre de la motivación e intenciones de los hermanos Elric para buscar con tanta insistencia solución a su problema.

Tras los acontecimiento del laboratorio nº 5, va a Central a reparar el brazo de Ed, momento en el que conoce a Maes Hughes, y a la familia de éste. Algo después marcha al Sur con los hermanos Elric, yendo a Rush Valley.

En Rush Valley entabla amistad con Paninya, y con Dominique, que al final de la obra se convierte en su maestro. Algo después conoce a Izumi Curtis, y va con ella y los Elric a Dublith. Después sigue con ellos hacia Kishua, buscando a Scar. Aquí se entera por Leo y Rick de quién mató a sus padres: Roy Mustang.

Algo después va a Central, descubriendo que Maes Hughes ha muerto. Un día va a visitar la tumba de éste, y conoce a Scieska, junto a la que empieza a investigar la sospechosa situación en que falleció su amigo común. Consiguen salvarse por los pelos cuando espían los teléfonos de la secretaria del Fuhrer, gracias a Maria Ross y Denny Bloch.

Se marcha con Scieska a Rizenbul, donde al llegar Hohenheim la confunde con su madre Sara, dado su gran parecido. No aparece más hasta el final de la serie, cuando se menciona que le hizo unos Automail a Wrath.

Pinako Rockbell  es una anciana, residente en Rizenbul. Se dedica al negocio de la creación, implantación y reparación de Automail. Cuando joven era conocida y temida bajo el sobrenombre de El Leopardo de Rizenbul, como una de las mejores mecánicas de Automail. Sigue conservando su carácter duro y su humor pesado, así como su destreza en el oficio: en sólo tres días implantó a Ed sus nuevos miembros de metal cuando perdió los suyos. Es la abuela por parte de madre de Winry, y cuida de ella desde que sus padres murieron en Ishbal, y de los hermanos Elric desde que su madre murió. En el manga deja bien claro que sospecha de Hohenheim, intuyendo algo extraño tras la ausencia de envejecimiento en él, aunque no lo revela abiertamente.

Doctores Rockbell